Авария на Саяно-Шушенской ГЭС произошла 17 августа 2009 года. В момент аварии  в работе находились 9 гидроагрегатов  (гидроагрегат № 6 находился в резерве). Суммарная активная мощность работающих агрегатов составляла 4400 MBт. В результате повреждения гидроагрегата №2, причина которого устанавливается, произошел выброс воды из кратера турбины. В настоящее время причины аварии устанавливаются.
В результате аварии частично обрушены строительные конструкции МАРХИ на участке от 1-го до 5-го гидроагрегатов и перекрытия отметки обслуживания машинного зала (отметка 327); повреждены и местами разрушены несущие колонны здания и отметки 327, а также расположенные на ней оборудование систем регулирования, управления и защит гидроагрегатов; получили механические повреждения различной степени 5 фаз силовых трансформаторов; получили повреждения строительные конструкции трансформаторной площадки в зоне 1 и 2 блоков.
В результате попадания воды электрические и механические повреждения различной степени тяжести получили все гидроагрегаты ГЭС, при этом:
∙ГА 5 – по предварительной оценке – электрические повреждения  генератора,
∙ГА 6 – повреждения генератора, связанным с затоплением водой,
∙ГА 3, 4 – электрические и механические повреждения генераторов средней степени тяжести и повреждения строительных конструкций разной степени тяжести,
∙ГА 1, 10, 8, – электрические и механические повреждения генераторов большой степени тяжести и повреждения строительных конструкций разной степени тяжести,
∙ГА 7, 9 – большой степени тяжести и повреждения строительных конструкций и полное разрушение генераторов,
∙ГА 2 – полное разрушение строительных конструкций, генератора и турбины.
Все общестанционные технологические системы, расположенные на отметке 327 и нижележащих отметках затоплены и получили повреждения различной степени тяжести. Кабельные тоннели и галереи нижнего бьефа в районе ГА 2,7,9 обрушены.
Силами персонала станции и подрядных организаций в 9 часов 20 мин. был закрыт аварийно-ремонтный затвор ГА 2 и прекращено поступление воды в машзал через разрушенный ГА2. В 11 часов 40 мин. Открыты затворы водосливной плотины и восстановлен баланс расхода через гидроузел, соответствующий заданному режиму. До начала открытия затворов водосливной плотины регулирование санитарного пропуска по р. Енисей осуществлялся Майнской ГЭС.
В ходе ликвидации последствий аварии на станции силами МЧС при взаимодействии с Минэнерго России при проведении аварийно-спасательных работ в целом  было привлечено до 2,7 тыс. человек (в том числе около 2 тыс. человек непосредственно на ГЭС), более 200 единиц техники, в том числе 11 воздушных судов и 15 плавсредств. Было разобрано свыше 5 тыс. кубометров завалов, откачано более 277 тыс. кубических метров воды. Установлено 9683 метра боновых заграждений, собрано 324,2 т маслосодержащей эмульсии.
К 25 августа спасательные работы на ГЭС практически завершены. Было спасено 14 человек. На месте аварии обнаружено 73 тела погибших. Еще два человека до сих пор числятся пропавшими без вести.
С 23 августа 2009 г. на станцию начали прибывать подразделения и бригады профессиональных ремонтников, монтажников и других энергетических специальностей из других регионов России. Планируется, что численность персонала, занятого восстановительными работами, будет доведена до 2500 человек. Количество персонала будет корректироваться в зависимости от объема и сложности задач.
С целью доставки работников и грузов к месту аварии с 19.08.2009 по 29.08.2009 ОАО «РусГидро» организовано 12 чартерных рейсов, в том числе 1 самолет МЧС, которыми перевезено 700 человек и 85 тонн груза.
В настоящее время на станции ведутся восстановительные работы.